Μεγάλη συζήτηση έχει ανοίξει σχετικά με το ζήτημα της παραγραφής των υπουργικών αδικημάτων και την εφαρμογή της διάταξης του άρθρου 86 του συντάγματος. Στην αναθεώρηση του 2020, με πρόταση της Νέας Δημοκρατίας, από τη συγκεκριμένη συνταγματική διάταξη αφαιρέθηκε η διατύπωση με την οποία προβλεπόταν ότι «η Βουλή μπορεί να ασκήσει την κατά την παράγραφο 1 αρμοδιότητά της (δηλ. τη δίωξη κατά υπουργού) μέχρι το πέρας τη δεύτερης τακτικής συνόδου της βουλευτικής περιόδου που αρχίζει μετά την τέλεση του αδικήματος». Με αυτόν τον τρόπο, καταργήθηκε η σύντομη αποσβεστική προθεσμία των υπουργικών αδικημάτων και η παραγραφή τους εξισώθηκε με την παραγραφή που προβλέπουν οι κοινές διατάξεις του Ποινικού Κώδικα.
Ο προβληματισμός που δημιουργείται έγκειται στο ότι ο νόμος περί ευθύνης υπουργών (ν. 3126/2003, Α΄ 66) δεν τροποποιήθηκε ώστε να στοιχηθεί με τη συνταγματική αναθεώρηση και έτσι στην παρ. 2 του άρθρου 3 αυτού συνενίχει να προβλέπεται ότι «Το αξιόποινο των πράξεων των υπουργών εξαλείφεται με το πέρας της δεύτερης τακτικής συνόδου της βουλευτικής περιόδου που αρχίζει μετά την τέλεση της αξιόποινης πράξης, εάν ως τότε η Βουλή δεν έχει αποφασίσει να ασκήσει ποινική δίωξη κατά του υπουργού, σύμφωνα με όσα ορίζονται στον νόμο αυτόν».
Σύμφωνα με μερίδα της νομικής θεωρίας, μπορεί από το σύνταγμα να αφαιρέθηκε η ρητή πρόβλεψη ειδικής αποσβεστικής προθεσμίας, αλλά αυτό δεν δεσμεύει τον κοινό νομοθέτη να ορίσει ειδικό πλαίσιο παραγραφής των υπουργικών αδικημάτων. Το σύνταγμα (άρθρο 86 παρ. 1) παραπέμπει στον κοινό νομοθέτη να ρυθμίσει τα σχετικά με την ποινική δίωξη θέματα: «Μόνο η Βουλή μπορεί να ασκήσει δίωξη κατά μελών κυβέρνησης για ποινικά αδικήματα που τέλεσαν κατά την άσκηση των καθηκόντων τους, όπως νόμος ορίζει».
Ωστόσο, πρόκειται για άκρως τυπολατρικό προβληματισμό. Εάν κάποιος ανατρέξει στα πρακτικά της Συνταγματικής Αναθεώρησης, θα διαπιστώσει ευχερώς ότι η εν λόγω τροποποίηση έλαβε χώρα ακριβώς για να μην υπάρχει σύντομη προθεσμία παραγραφής και όχι για να δοθεί στον κοινό νομοθέτη το δικαίωμα να ορίσει τα θέματα αυτά κατά τη διακριτική του ευχέρεια.
Σε κάθε περίπτωση, πάντως, σύμφωνα με το άρθρο 77 παρ. 1 του συντάγματος η αυθεντική ερμηνεία των νόμων αποτελεί αρμοδιότητα της νομοθετικής λειτουργίας. Συνεπώς, με διάταξη αυθεντικής ερμηνείας μπορεί να αποσαφηνιστεί ρητώς το νομικό καθεστώς που διέπει την παραγραφή υπουργικών αδικημάτων, όπως αυτή προβλέπεται στην παράγραφο 2 του άρθρου 3 του ν. 3126/2003, και μάλιστα αναδρομικά από τη δημοσίευση του Ψηφίσματος της 29ης Νοεμβρίου 2019 της Θ΄ Αναθεωρητικής Βουλής των Ελλήνων (Α΄ 187/28.11.2019), ώστε να αποκλειστεί κάθε ενδεχόμενο νομικής αμφισημίας.
