Πρόωρες εθνικές εκλογές είχαμε στις 10 Οκτωβρίου 1993 και η ΝΔ ηττάται με ποσοστό 39,30%, επανερχόμενη έτσι στη θέση της αξιωματικής αντιπολίτευσης. Αμέσως μετά ο Κωνσταντίνος Μητσοτάκης παραιτείται από πρόεδρος του κόμματος. Νέος πρόεδρος εξελέγη ο Μιλτιάδης Εβερτ, ο γνωστός και ως «μπουλντόζας», από ειδικό εκλεκτορικό σώμα, με 141 ψήφους, έναντι 37 του Ιωάννη Βαρβιτσιώτη.
Το 3ο Τακτικό Συνέδριο της ΝΔ πραγματοποιείται τον Απρίλιο του 1994 στη Χαλκιδική με τη συμμετοχή 1.300 συνέδρων, όπου εγκρίθηκαν το νέο καταστατικό του κόμματος και το νέο πλαίσιο του κυβερνητικού προγράμματος και επιβεβαιώθηκαν οι ιδεολογικές αρχές της γαλάζιας παράταξης. Στις ευρωεκλογές του 1994 η ΝΔ έρχεται δεύτερη με ποσοστό 32,63% και 9 από τις 25 έδρες, ενώ στις δημοτικές και νομαρχιακές εκλογές του ίδιου έτους κερδίζει τους δύο από τους τρεις μεγάλους δήμους, την Αθήνα και τη Θεσσαλονίκη, εκλέγοντας ταυτόχρονα και δώδεκα νομάρχες.
Στις νέες πρόωρες εκλογές στις 22 Σεπτεμβρίου 1996, η ΝΔ αναδεικνύεται ξανά δεύτερη με ποσοστό 38,12% και 108 έδρες. Αυτή η εξέλιξη οδήγησε τον Μιλτιάδη Εβερτ σε παραίτηση και σε κίνηση διαδικασίας για την εκλογή νέου προέδρου, όπου ο «μπουλντόζας» υπερίσχυσε του Γιώργου Σουφλιά με 103 ψήφους, έναντι 84 και επανεξελέγη στην ηγεσία του κόμματος.
Τον Μάρτιο του 1997, διεξάγεται το 4ο Τακτικό Συνέδριο της ΝΔ στην Αθήνα, με θέμα την ψήφιση νέου καταστατικού και προγράμματος, καθώς και την εκλογή προέδρου από διευρυμένο εκλεκτορικό σώμα έπειτα από εσωκομματικές πιέσεις. Στην πρώτη ψηφοφορία, ο Κώστας Καραμανλής συγκέντρωσε ποσοστό 40,73%, ο Γιώργος Σουφλιάς 30,52%, ο Μιλτιάδης Εβερτ 25,34% και ο Βύρων Πολύδωρας 3,40%. Στη δεύτερη ψηφοφορία ο Κώστας Καραμανλής εξελέγη πρόεδρος με 69,16%, έναντι 30,84% του Γιώργου Σουφλιά.
Λίγες ημέρες μετά, πραγματοποιείται το Συνέδριο Αρχών και Θέσεων της ΝΔ, όπου επαναδιατυπώθηκαν οι αρχές και οι θέσεις του κόμματος και επανασχεδιάστηκαν άλλες, με φόντο τον 21ο αιώνα και την είσοδο της Ελλάδας στην Οικονομική και Νομισματική Ενωση.
Εναν χρόνο μετά, τον Φεβρουάριο του 1998, ξεσπά εσωκομματική κρίση στην Κεντροδεξιά, η οποία φέρνει τη διαγραφή των Στέφανου Μάνου, Βασίλη Κοντογιαννόπουλου και Γιώργου Σουφλιά, εκ των κορυφαίων στελεχών της ΝΔ, και κάποιων βουλευτών που πρόσκειντο στον πρώην πρωθυπουργό Κωνσταντίνο Μητσοτάκη. Αργότερα, ο Στέφανος Μάνος ίδρυσε τους Φιλελεύθερους. Τον Οκτώβριο του ίδιου έτους, στις εκλογές της Τοπικής Αυτοδιοίκησης, υποψήφιοι υποστηριζόμενοι από τη ΝΔ κέρδισαν τους τρεις μεγάλους δήμους, ενώ εξελέγησαν 27 νομάρχες.
Στις βουλευτικές εκλογές της 9ης Απριλίου 2000, η ΝΔ συνεργάζεται με τους Φιλελεύθερους του Στέφανου Μάνου και λαμβάνει ξανά τη δεύτερη θέση, με ενισχυμένο ποσοστό αυτήν τη φορά στο 42,74% και 125 έδρες. Λίγους μήνες αργότερα, θα διαγραφεί από το κόμμα ο βουλευτής Γιώργος Καρατζαφέρης, ο οποίος κατόπιν ιδρύει τον Λαϊκό Ορθόδοξο Συναγερμό. Η εσωκομματική κρίση συνεχίζεται και το 2001, με τον δημοφιλή δήμαρχο Αθηναίων Δημήτρη Αβραμόπουλο να αποχωρεί από τη ΝΔ ιδρύοντας το Κίνημα Ελεύθερων Πολιτών.
Τον Μάρτιο του 2001, πραγματοποιείται το 5ο Τακτικό Συνέδριο της ΝΔ, όπου και συζητήθηκαν θέματα αρχών και θέσεων και αποφασίστηκαν οργανωτικές αλλαγές, με σημαντικότερη τη θεσμοθέτηση γενικού γραμματέα. Στο Συνέδριο αυτό ο Γιώργος Σουφλιάς θα επιστρέψει στο κόμμα, ενώ ένα χρόνο αργότερα γυρίζει και ο Δημήτρης Αβραμόπουλος, εν όψει της μεγάλης αντεπίθεσης στη διαρκή πασοκική λαίλαπα των προηγούμενων χρόνων, ενώ στις δημοτικές και νομαρχιακές εκλογές του ίδιου έτους, η ΝΔ κέρδισε ξανά τους τρεις μεγαλύτερους δήμους, καθώς και 30 νομαρχίες.
