Το Πανεπιστημιακό Γενικό Νοσοκομείο Αλεξανδρούπολης συγκαταλέγεται μεταξύ των δέκα νοσηλευτικών ιδρυμάτων που επιλέχθηκαν πανελλαδικά, για την πιλοτική εφαρμογή του Εθνικού Προγράμματος Πρόληψης και Ελέγχου Νοσοκομειακών Λοιμώξεων και της Μικροβιακής Αντοχής.
Στόχος του πενταετούς εθνικού προγράμματος είναι η δημιουργία πρότυπων Ελληνικών Δημόσιων Νοσοκομείων, στους τομείς της πρόληψης και του ελέγχου των Νοσοκομειακών Λοιμώξεων και της Μικροβιακής Αντοχής.
Το πρόγραμμα συντονίζεται από το Ίδρυμα Σταύρος Νιάρχος και υλοποιείται από το Κέντρο Κλινικής Επιδημιολογίας και Έκβασης Νοσημάτων (CLEO) σε συνεργασία με τον ΕΟΔΥ.